Las lagunas costeras y estuarios por su importancia ecológica e hidrológica se convierten en sitios para remoción de algunos contaminantes tóxicos como los metales, que ocasionan graves efectos en los organismos que los habitan y en los consumidores finales. Por lo cual, el objetivo de este trabajo fue evaluar la concentración de metales pesados en ostión, camarón, jaiba, sedimento y agua, la correlación entre la concentración de estos y los parámetros fisicoquímicos; su granulometría y las FPC del sistema lagunar Carmen-Machona-Pajonal, Tabasco. La determinación de Pb, Cd y Cu fue realizada por espectrofotometría de absorción atómica de flama con un equipo Thermo Cientific Modelo Ice 3500 AA System. Los niveles de Pb y Cd en Crassostrea virginica alcanzaron los límites permisibles establecidos por las normas nacionales, mientras para Callinectes sapidus, Litopenaeus setiferus, sedimento y agua se presentaron valores inferiores a estos límites; por lo cual no representa un riesgo a la salud pública y al ecosistema.