La sociedad actual genera gran cantidad de residuos, que si no son gestionados convenientemente pueden suponer un grave problema para la salud de las personas y para la conservación del medio ambiente. El uso de los biodigestores en zonas urbano marginales y rurales, podría contribuir a la reducción de los problemas de contaminación de las aguas residuales por excretas, evitar la deforestación, ocasionada por la búsqueda de leña, mantener un equilibrio ambiental y mejorar la estructura del suelo. La aplicación del efluente producido por el biodigestor (abono orgánico o bioabono) aumenta la fertilidad del suelo, permitiendo así el aumento de la producción de las plantas cultivadas, incluyendo las forrajeras. Así también, trae consigo beneficios económicos, ya que tiene diferentes usos: produce gas metano, el cual se puede utilizar en motores estacionarios, para cocinar, para calentar pollos y cerdos recién nacidos, disminuyendo así el gasto de leña, y en la iluminación, reduciendo el uso de energía eléctrica convencional. Ésta es una forma de producir energía no contaminante, ni en el proceso de producción ni en su combustión, contrario a lo que sucede con los combustibles fósiles.