Link se ha convertido en adulto y lleva viviendo con su tío los últimos siete años. Nada recuerda desde entonces, pero eso no parece importar ya que otros problemas mayores atacan la forma de vida de todos en aquella nación. El rey Ganondorf, cegado de poder y avaricia gobierna con crueldad y tiranía sometiendo a quien se le oponga.

Link no creía posible una forma de escape a tan amarga realidad, hasta la llegada de Hood, un veterano de unos cincuenta y tantos años que le explica que depende de él el futuro de su pueblo. Entre discusiones e interrogantes Link accede a ser entrenado y guiado por su nuevo mentor, y junto a éste se reencuentra con alguien a quien no recordaba, la joven Zelda, princesa, sabia y guerrera de Hyrule.

La líder del pueblo hyliano le encomienda a Link la búsqueda de los sabios para aliar fuerzas contra los ejércitos de Ganondorf quienes se encuentran esparcidos por todo Hylia. Solo hay una forma de cumplir con la tarea, sobrevivir a la Salvaje Naturaleza.