Esta investigación analiza desde el enfoque de la Nueva Economía Institucional el rol de las instituciones políticas locales en el desarrollo económico de los municipios en México. Se revisa la evolución del concepto de Instituciones en las diferentes corrientes de pensamiento económico y hace un análisis de la problemática institucional de los gobiernos locales. Se propone un índice de instituciones políticas y se verifica su relación con el desempeño municipal. De acuerdo a nuestro análisis, las políticas públicas son endógenas, y en presencia de costos de transacción no hay razones para pensar a priori que las instituciones del sistema político generarán políticas públicas eficientes, peor aún, en estados con baja institucionalidad, la política pública apelará a relaciones clientelares. Se concluye que la eficiencia de los intercambios políticos y las políticas públicas depende del funcionamiento de las instituciones políticas. En este marco, se elabora sobre la relación de las instituciones políticas y las políticas públicas para realizar una propuesta de fortalecimiento institucional basada en tres principios de diseño institucional: justicia, flexibilidad y legitimidad.