En la Historia natural y moral de las Indias, el autor observa las costumbres, ritos y creencias de los indígenas de México y Perú. Es un libro clave para la comprensión e ideación de América desde Europa. Obra de un racionalismo prematuro, abrió cauces distintos a la lógica y a la explicación de fenómenos nuevos que ofrecía el recién descubierto continente.