El conocimiento del proceso de manufactura para obtener el chocolate a partir de las semillas del fruto del árbol de cacao ha sido transmitido de generación en generación. Cuando se inició el estudio de este proceso se creía que durante la etapa de la fermentación el objetivo principal era el de eliminar la pulpa mucilaginosa que rodea la semilla. Con ello se facilitaría el secado y su almacenamiento. Posteriormente se observó que durante el proceso cuando se omite la etapa de fermentación, las semillas de cacao son amargas y astringentes y posteriormente cuando son procesadas para obtener el chocolate no se desarrolla su sabor y aroma característico. Hoy se sabe que la principal razón de la fermentación durante el proceso de elaboración del chocolate es la de inducir los cambios bioquímicos para que posteriormente se desarrolle el color, el aroma y los precursores del sabor. Estos cambios bioquímicos fundamentalmente son llevados a cabo por microorganismos. Los que se encuentran activos durante la fermentación del cacao se desarrollan en sucesión. En un principio dominan las levaduras, a continuación las bacterias ácido-lácticas y acéticas, y finalmente las bacterias esporuladas