La biotecnología de la reproducción comprende a las técnicas (desde la inseminación artificial hasta la clonación) que permiten aumentar la eficiencia reproductiva de los animales. Como resultado de esto, se ha podido incrementar con éxito, el progreso genético de los hatos (rebaños y rodeos), destinados a la producción de leche, carne y lana, a través de las diferentes tecnologías aplicadas comercialmente desde mediados del siglo XX. Dichas técnicas tienen importancia per se y pueden ser empleadas, además, como herramientas en el desarrollo de otras más modernas. Aquí se utiliza la transferencia nuclear como la biotecnología que permite, en forma asexual, la producción de un organismo genéticamente idéntico al material nuclear con el que se generó. La transgénesis es la introducción de genes exógenos a un organismo, otorgándole caracteres nuevos de interés humano. Adicionalmente es una técnica que depende de herramientas como la genética, biología molecular y reproducción animal. Los análisis de genómica funcional en vertebrados, incluyendo peces, anfibios y ratones, han contribuido a comprender los procesos de desarrollo embrionario así como determinadas enfermedades humanas.